O artigo 47.º da Lei de Organização do Sistema Judiciário determina que o STJ se organiza em torno de secções em matéria cível, em matéria penal, em matéria social e em matéria de contencioso (neste último caso, para julgamento dos recursos das deliberações do Conselho Superior da Magistratura, que é o órgão de gestão e disciplina dos juízes – artigos 217.º e 218.º da Constituição da República Portuguesa).
Segundo o mesmo preceito legal, no STJ existe ainda uma formação das secções criminais que procede ao controlo e autorização prévia da obtenção de dados de telecomunicações e Internet no quadro da atividade de produção de informações em matéria de espionagem e terrorismo do Serviço de Informações de Segurança (SIS) e do Serviço de Informações Estratégicas de Defesa (SIED).
Nos termos do n.º 1 do artigo 211.º da Constituição da República Portuguesa, o STJ trata de questões jurídicas em todas as áreas não atribuídas a outras ordens judiciais (Tribunal Constitucional, Supremo Tribunal Administrativo e Tribunal de Contas – artigos 221.º, 212.º e 214.º da Constituição da República Portuguesa, respetivamente).
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